在确诊时，可以通过病毒抗体或病毒核酸检测来确定病原体。而疱疹性咽峡炎主要表现为咽峡部位出现水泡、糜烂等病变，伴有发热、咽痛等症状。需要注意的是，手足口病和疱疹性咽峡炎在一些症状和病变上有重叠之处，因此需要结合临床表现、病史、实验室检查等综合分析，由专业医生进行鉴别诊断。
手足口病和疱疹性咽峡炎是两种不同的疾病，其鉴别诊断可以从以下几个方面进行：
1. 病毒感染：手足口病主要由柯萨奇病毒引起，而疱疹性咽峡炎则是由单纯疱疹病毒引起。在确诊时，可以通过病毒抗体或病毒核酸检测来确定病原体。
2. 核心症状：手足口病的核心症状是手、足、口腔黏膜等处出现水泡、溃疡等病变，伴有发热、食欲不振等症状。而疱疹性咽峡炎主要表现为咽峡部位出现水泡、糜烂等病变，伴有发热、咽痛等症状。
3. 部位分布：手足口病的病变主要集中在手、足和口腔黏膜等处，特别是口腔内有明显的水泡和溃疡，手足部位也可能有水泡。而疱疹性咽峡炎的病变主要在咽峡部位，包括咽部、扁桃体和软腭等处。
4. 年龄分布：手足口病主要发生在婴幼儿和幼儿，尤其是2-5岁的儿童，而疱疹性咽峡炎则没有特定的年龄分布规律，可发生在不同年龄段的人群。
5. 临床表现：手足口病和疱疹性咽峡炎在临床表现上有一些区别。手足口病主要表现为发热、咳嗽、喉咙痛、口腔溃疡等症状，严重病例可能发展成脑脊髓炎。疱疹性咽峡炎主要表现为咽峡部位疼痛明显，吞咽困难，咽喉部有水泡、糜烂等病变。
需要注意的是，手足口病和疱疹性咽峡炎在一些症状和病变上有重叠之处，因此需要结合临床表现、病史、实验室检查等综合分析，由专业医生进行鉴别诊断。
